Tokat velîlerinden olan Pirimiz Mustafa Hâkî Efendi Hazretleri'nin kesin doğum târihi belli değildir, ancak kaynaklar yaklaşık olarak Hicri 1272 (Miladi 1855) yılında Tokat'ın Soğukpınar Mahallesi'nde dünyaya geldiğini belirtmektedir. Babası Tokat eşrafı ve âlimlerinden Abdullah Efendi'dir. Seyyid soyundan gelen Hazret'in atalarının şeceresinin Trablusgarp'tan Abdusselâm b. Meşiş vasıtasıyla Hz. Hüseyin’e ulaştığı kaydedilmiştir. Aynı zamanda Osmanlı'nın son Şeyhülislâmlarından Mustafa Sabri Efendi’nin anne tarafından yeğenidir.

Hâkî Efendi, erken yaşlarında hâfızlık yaptıktan sonra, ilim tahsiline Tokat’ta başladı ve ardından Çorum Şeyhi Şîranlı Mustafa Efendiye (Mustafa Rûmî Hz.) talebe olarak intisap etmiştir. Mürşidinden hem zâhirî ilimlerden hem de mânevî alandan icazet almış, irşad makamına erken ulaştığı için kendisine “Küçük Pîr” lakabı verilmiştir. Sahip olduğu Allah vergisi güzel sesiyle Kur’an-ı Kerim okuması ve dinleyenlere huzur vermesinden dolayı “Melek Hâfız” lakabını da almıştır.

Tahsilini tamamladıktan sonra Tokat Ali Paşa Camii’nde imam-hatiplik görevini üstlenmiştir. Hâkî Efendi, 1908’de İkinci Meşrûtiyetin ilânı sebebiyle yapılan seçimde devrin ileri gelenlerinin arzusuyla Tokat mebûsu olarak seçilmiştir. Siyasi kariyeri kısa sürmüş; İttihat ve Terakki Cemiyeti’nin (İTC) yükselen otoriterliği ve gayr-i müslimlerin oyları ile mebusluğu düşürülerek İstanbul’da mecbûri ikâmete tâbi tutulmuştur. Mecburi ikamet süresince kendisine Fatih-Çarşamba’daki Mevlana Mustafa İsmet Efendi Dergâhı tahsis edilmiş ve vefâtına kadar burada kalmıştır. Bu durum, kendisi gibi geleneksel dini otoritelerin, merkezi siyasi gücün baskısı altında marjinalleştiğini göstermiştir.

Yetiştirdiği talebeler arasında en meşhuru Sivaslı İsmail Hakkı İhramcızade'dir. İhramcızâde İsmail Hakkı Toprak, annesinin de mürşidi olan Hâkî Efendi'ye intisap ettiğinde, ona nazar ederek manevi yola dahil etmiştir. Hâkî Efendi, yetiştirdiği talebeler hakkında Eshâb-ı kirâm sevgisinden bahseder, onların dinde temel kaynak olduğunu vurgulardı.

Hazret, daha çok, şahsiyetinin manevi etkisine ve irşad faaliyetlerine odaklanan menkıbelerle yâd edilmiştir.

 
• Müridinin Makamını Görmesi: Pirimiz İhramcızâde İsmail Hakkı Toprak Efendi'yi ilk gördüğünde ona manevi nazar kılmış ve Efendimizin elleri yeşil bir renk alarak, “O ben oldu, ben O oldum” diyerek Fenâ halini yaşamasına vesile olmuştur. Hazret, bu hadisenin ardından, Pirimiz için “O, bizde ne varsa alıp götürdü” buyurmuştur.
 
• Gaybî İhbar: Samsun'a geldiği bir gün misafir kaldığı evde ikram edilen meyveyi yerken, o esnada Tokat’ta bulunmasına rağmen, “Bu gece dünyaya bir oğlum gelse gerektir” buyurmuş. Sözün söylendiği saatte oğlu Bahâeddîn Efendi dünyaya gelmiştir.
 
• Hakiki Keramet İlkesi: Hazret, sohbetlerinde daima insanların kevnî kerametlere (havada uçmak, su üzerinde yürümek gibi) itibar etmemesi gerektiğini vurgulamıştır. “Bir kimsenin havada uçtuğunu, suyun üzerinde yürüdüğünü görseniz, İslâmiyet’in emir ve yasaklarına uymaktaki hassasiyetine bakınız. Şâyet bu tam ise, ona uyabilirsiniz. Eğer emir ve yasaklarda gevşeklik varsa hemen ondan uzaklaşınız. Çünkü zararı dokunur” buyurmuştur. Bu, O'nun en büyük kerâmeti olan manevi basiretini ve şeriatı koruma hassasiyetini göstermektedir.

Mustafa Hâkî Efendi, zatürre rahatsızlığı sebebiyle 15 Kanunusani 1336 (Miladi 15 Ocak 1920) tarihinde İstanbul’da vefât etmiştir. Kabri, İstanbul Fâtih Câmii haziresinde, Gazi Osman Paşa türbesine yakın bir konumdadır. Vefatından önce irşad emanetlerini, cübbe, sarık ve tesbih gibi teberrüklerle oğlu Bahâeddîn Efendi aracılığıyla Sivas’taki İhramcızâde İsmail Hakkı Efendi’ye göndermiştir.

Vefatından sonra “İlim üç Mustafa ile gitti” rivayetiyle anılmıştır. Oğlu Bahâeddîn Efendi, eczacılık eğitimi almasına rağmen, babasının siyasî travması sonrası Türkiye'den ayrılarak Medine ve Şam'da 27 sene ders okutmuştur.